Il Seminario di Torino fu fondato il 4 giugno 1567 dal Cardinale Girolamo della Rovere in attuazione del Decreto del Concilio di Trento, che aveva deciso l'istituzione dei seminari diocesani. Dall'Arcivescovo fu scelta come sede la casa parrocchiale di S. Stefano (in quella che oggi è via Garibaldi). Nel 1578 il Seminario si trasferì in una casa attigua alla chiesa di S. Agnese (nel sito dell'attuale chiesa della SS. Trinità).

Nel 1601 si trasferì una seconda volta in una casa situata tra l'odierna via Quattro Marzo e l'attuale cappella del Seminario, casa che fino allora era stata sede dell'ospedale S. Giovanni. In quegli anni le difficoltà economiche erano notevoli e questo pregiudicava l'ingresso dei chierici (nel 1621 erano appena sette); la maggioranza del clero era formata fuori del Seminario.